Como Edgar Ramírez recordó recientemente en el acto de conmemoración del natalicio de Che Guevara, no es posible separar la Masacre de San Juan de la guerrilla que operaba en el sudeste boliviano hace medio siglo. Sorprende que ambos acontecimientos frecuentemente sean vistos de forma separada, como si no formaran parte del mismo contexto. La operación punitiva contra los campamentos mineros solo se explica en el marco de la campaña contrainsurgente emprendida por el Gobierno boliviano de entonces, con apoyo estadounidense y de las dictaduras vecinas del cono sur latinoamericano, principalmente Brasil, Argentina y Paraguay.
“Vista la preocupación de los países limítrofes (...) se hace necesario preparar un informe sobre la actual situación política que ilustre los probables nexos entre la agitación minera y las actividades de la guerrilla (...)” dice un telegrama secreto del Departamento de Estado estadounidense a su embajada en La Paz, fechado el 27 de junio de 1967, tres días después de la masacre.